Le musée suisse des douanes collabore avec d'autres organisations nationales et internationales.
La douane applique plus de 150 actes législatifs qui n'ont pas de lien direct avec le droit douanier. Le Musée suisse des douanes met en lumière le rôle et l'engagement de la douane dans les domaines de l'économie, de la culture, ainsi que de la sécurité et de la santé des citoyens suisses. Pour ce faire, il collabore avec des organisations partenaires telles que l'Office fédéral de la culture (OFC), l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV), le Secrétariat d'État aux migrations (SEM), le Musée national suisse (MNS) et le Haut Commissariat des Nations Unies pour les réfugiés (HCR).
